本发明公开了一种次磷酸三聚氰胺改性木质素包覆次磷酸铝阻燃剂及其制备方法和应用。本发明以木质素、三聚氰胺、醛、次磷酸、次磷酸钠和可溶性铝盐为原料，采用胺甲基化反应、磷酰胺化反应和化学共沉淀法相结合，以三聚氰胺改性木质素聚合物为囊材，以原位生成的次磷酸铝为芯材，制得一种次磷酸三聚氰胺改性木质素包覆次磷酸铝阻燃剂。本发明制备的阻燃剂，原料来源广泛，合成工艺简单，热稳定性好，阻燃剂中的囊材次磷酸三聚氰胺改性木质素与高分子材料相容性好，可减少阻燃剂对PA66力学性能的影响，且囊材次磷酸三聚氰胺改性木质素与芯材次磷酸铝具有显著的阻燃协同效应，在PA66中使用时具有很高的阻燃效率，并能有效抑制PA66的熔滴。