本发明涉及生物技术技术领域，尤其涉及一种连续型内切‑1,3‑岩藻聚糖酶及其应用。本发明提供了一种内切‑1,3‑岩藻聚糖酶Fun168D，其具有良好的序列新颖性，最适反应温度为35℃，最适pH为7.5。Fun168D特异性切割2位硫酸酯化岩藻糖之间的糖苷键，其作用方式为连续型内切，可沿多糖主链连续切割糖苷键，持续产生特定结构寡糖，因此在特定结构寡糖的定向制备中具备应用潜力。以Fun168D为工具，本发明建立了一种定向制备特定结构岩藻寡糖的工艺，未经纯化的产物寡糖纯度高于70％，经一步层析纯化后纯度高于95％，可应用于特定结构岩藻寡糖的规模化制备。