本发明公开了一种基于M3C的两端柔性低频输电系统两相运行控制方法，该控制方法针对用于城市工区互联的两端低频输电系统单相电缆故障切除场景，通过拟方波输电方式利用健全相完成故障期间功率不间断传输，可有效提升系统利用率和可靠性。本发明对设置为电压基准节点的M3C采用低频侧定电压控制方法，生成低频侧拟方波电压；对设置为功率可调节点的M3C采用低频侧定电流控制方法；两类M3C的工频侧均采用定功率控制方法，实现稳态运行期间和传输功率动态变化前后对子模块电容电压的有效控制，保证装置安全稳定运行。