本发明公开一种干扰电疗设备的处方逻辑控制的实时监控系统，首先初始化串行设置，然后初始化所有波形输出定时器PWM、两个处方调度定时器，并启动所有定时器。若波形参数定时器t1中断定时结束，执行波形参数定时器循环调度载波数组，差频数组，调制频率数组，若波形调制定时器t2中断定时结束，执行波形调制定时器循环调度波形调制时间数组，如果是起始波形输出，开始波形调制，波形上升段标志清零，所有计数时间清零，开启波形上升时段、波形保持时段、波形休息时段、波形下降时段的判断。最后装载数字电位器强度值，开启调制深度判断或改变调制深度。本发明解决干扰电处方波形变换与逻辑控制问题，实现了干扰电治疗过程中的实时监控与自动调节。