本发明提供了一种基于智能多端口控制器的保护系统平滑接入方法，包括：S1、分析并确定各牵引所保护系统正在运行的接口资源；S2、设计并安装智能多端口控制器，对接各牵引所保护系统对应接口；S3、预安装并调试各牵引所保护系统；S4、各牵引所保护系统连接人工协同控制端，进行通信测试和对钟操作，保证各保护系统通信、时间同步；S5、智能多端口控制器进行实时主动态势感知，当智能多端口控制器出现故障时，人工协同控制智能多端口控制器，投入、退出保护系统；S6、重复执行S4～S5，直到任务结束。本发明可用于所间保护系统整体投切，对保护系统进行健康监视，还可在牵引所保护系统升级改造时在线接入新保护系统，保障牵引供电系统安全、稳定。