本发明公开了一种基于多方式整合申报系统进行纳税申报的方法及系统，其中方法包括：建立整合多种纳税申报方式的综合纳税平台；通过登录所述综合纳税平台，选择纳税申报方式，发起申报请求；通过所述综合纳税平台响应所述申报请求，并通过申报通道服务接口提交申报数据至申报通道；通过所述申报通道对所述申报数据进行处理，基于选择的纳税申报方式提交经过处理后的申报数据，进行纳税申报。本发明提出了一种跨系统的纳税申报整合方法，主要针对税务局端系统领域，通过整合局端接口申报、电子税务局系统申报和机器人纳税申报服务，使企业用户端仅对接一个综合纳税平台就可以通过三种不同申报渠道进行纳税申报。