本发明公开了一种不同支路电流的同步采样方法及系统，方法包括以下步骤：判断通信链路是否正常，所述通信链路为主节点和各个从节点之间的通信路径；在所述通信链路正常时，向各个所述从节点发送同步采样帧指令，以使各个所述从节点和所述主节点同步进行电流数据采集和电压数据采集；其中，采集的电压数据来自于同一线路的电压，所述同步采样帧指令为：在第N个过零点开始数据采集。本发明的目的在于提供一种不同支路电流的同步采样方法及系统，无需增加额外的硬件成本即可实现不同支路电流的准同步采样。