本公开实施例公开了一种键合系统和键合补偿方法。所述键合补偿方法包括：确定拾取的第一管芯的当前位置与第一目标位置之间的第一偏差值；确定晶圆上的第二管芯的当前位置与第二目标位置之间的第二偏差值；根据所述第一偏差值和所述第二偏差值，移动所述晶圆，以对准所述第一管芯和所述第二管芯；在所述第一管芯和所述第二管芯对准后，键合所述第一管芯和所述第二管芯；确定键合后的所述第一管芯的位置和所述第二管芯的位置之间的第三偏差值；根据所述第三偏差值，确定待键合的第三管芯与所述晶圆上的第四管芯的校准参数；根据所述校准参数，键合所述第三管芯和所述第四管芯。