本发明公开了一种天然气水合物藏厚度的计算方法及装置，该方法包括：在天然气水合物藏工区开展三维地震数据采集，对采集到的地震数据进行保幅处理并进行叠加，得到叠后地震数据体；对叠后地震数据体进行构造解释，确定天然气水合物藏所在地层的顶层位和底层位；根据天然气水合物藏所在地层的顶层位和底层位切出地震数据体，得到目标地震数据体；获得顶层位和底层位之间的天然气水合物藏厚度。本发明公开的一种天然气水合物藏厚度的计算方法及装置，针对海洋天然气水合物藏中经常出现包含天然气水合物的地层与泥岩地层等厚交替的情况，可应用于估算海洋天然气水合物藏的厚度，解决了薄互层的厚度无法估计这个一直困扰勘探工作者的难题。