本发明提供了一种黄土高原治沟造地的农田土壤排水系统及其施工方法，所述农田土壤排水系统包括农田排水渠、若干蓄水池、排水盲沟及边坡排水结构；农田排水渠设置在沟道农田的顶部两侧，并位于挖方边坡的坡底沿原始沟谷地形延伸方向布设；若干蓄水池间隔设置在沟道农田的两侧顶部，相邻蓄水池之间采用农田排水渠相连；排水盲沟设置在填方黄土地基的底部，并沿原始沟谷地下延伸方向布设；边坡排水结构布设在挖方边坡上，边坡排水结构的底端与农田排水渠相连；本发明能有效解决黄土高原治沟造地沟道农田土壤排水问题，避免沟谷和农田积水；同时，能够有效保证治沟造地沟道农田的安全和日常灌溉使用，结构简单，施工难度小，成本低，便于推广使用。