本发明提出了急性腹泻标志微生物及其应用，该急性腹泻标志微生物包括第一微生物集，因此，进一步提出了一种试剂盒，包括适于检测第一微生物集中的至少一种菌种的试剂，所述第一微生物集由以下菌种组成：粪拟杆菌(Bacteroides_caccae)、普通拟杆菌(Bacteroides_vulgatus)、Faecalibacterium_prausnitzii、Alistipes_putredinis和Alistipes_finegoldii。本发明提出的微生物在健康人群和急性腹泻患者中的丰度具有显著差异，可以作为有效检测和/或治疗急性腹泻的标志物。