本发明提供了一种具有阻燃抗菌功能的特种织物及其制备方法和应用，涉及纺织品技术领域。一种具有阻燃抗菌功能的特种织物的制备方法，包括以下步骤：S1：将棉纤维和复配纤维混纺得到混纺纱线，再将混纺纱线织造为混纺织物；S2：使用染料对混纺织物进行染色，得到染色混纺织物；S3：将染色混纺织物先浸轧抗菌剂，烘干后在浸轧第一阻燃剂，得到阻燃混纺织物；S4：使用第二阻燃剂通过层层自组装整理到阻燃混纺织物上，制得特种织物。本发明还提供了由上述方法制备的具有阻燃抗菌功能的特种织物和应用。本发明可以制得满足适用生产服饰的舒适性的特种织物，且具有较好的阻燃、抗菌性能。