本发明提供一种谐波减速器及其控制方法，谐波减速器包括输入轴、柔性轴承、柔轮、第一传感器、第二传感器和控制模块，柔性轴承的内圈套接在输入轴的凸轮上，柔轮套接在柔性轴承的外圈上，控制模块分别与第一传感器和第二传感器电连接，第一传感器检测柔轮的转速V1，第二传感器检测外圈的转速V2，控制模块计算柔轮与外圈之间的相对转速控制模块中设置有柔轮工作失效的预设失效限值，当相对转速大于预设失效限值时，控制模块发出报警提示信息。本发明谐波减速器一旦出现柔轮突发工作失效时，谐波减速器的控制模块能够瞬间有效地获得判断结果并进行失效预警反馈，从而避免谐波减速器突发失效引起安全隐患。