发明公开
- 专利标题: 一种基于上下文感知计算的RNA溶剂可及性预测方法
-
申请号: CN202111148787.2申请日: 2021-09-29
-
公开(公告)号: CN113936741A公开(公告)日: 2022-01-14
- 发明人: 胡俊 , 樊学强 , 唐玉璇 , 贾宁欣 , 张贵军
- 申请人: 浙江工业大学
- 申请人地址: 浙江省杭州市西湖区留和路288号
- 专利权人: 浙江工业大学
- 当前专利权人: 浙江工业大学
- 当前专利权人地址: 浙江省杭州市西湖区留和路288号
- 代理机构: 浙江千克知识产权代理有限公司
- 代理商 赵芳
- 主分类号: G16B40/00
- IPC分类号: G16B40/00 ; G16B50/30 ; G06N3/04 ; G06N3/08
摘要:
本发明公开了一种基于上下文感知计算的RNA溶剂可及性预测方法,包括:S1.收集PDB数据库中所有已注释三级结构信息的RNA序列组成训练集合S;S2.获取训练集合S中碱基个数为LX的RNA序列信息,并将获取的RNA序列信息记作SX;S3.搜索SX的核苷酸数据库并生成对应的MSA;S4.对MSA进行处理,生成MSA对应的FMSA;S5.根据独热编码原理将碱基编码生成SX对应的OHE;S6.生成SX对应的RSS;S7.构建上下文感知计算神经网络框架MVCADNN,并使用MVCADNN训练RNA溶剂可及性预测模型,得到训练后的RNA溶剂可及性预测模型;S8.将待预测RNA序列通过步骤S3‑步骤S6处理后,生成RNA序列对应的特征信息,并生成的特征信息输入到训练后的RNA溶剂可及性预测模型中,得到RNA溶剂可及性的预测信息。