本发明涉及一种基于RNA基序向量比较RNA结构的方法、系统和设备。所述基于RNA基序向量比较RNA结构的方法包括：获得待比较的两个或多个目标RNA预测的二级结构；提取所述目标RNA预测的二级结构中的基序向量，所述基序包括凸环、发夹环、内环、茎、多分枝环和外环，所述基序向量包括每种基序的数量特征和每种基序的空间排列位置特征；比较两个或多个目标RNA每种基序的基序向量，获得所述两个或多个目标RNA的相似度评分。本发明提供的基于RNA基序向量比较RNA结构的方法在RNA序列比对、RNA家族聚类、功能注释或评估变构效应方面的具有重要的应用价值。