本申请公开了一种双层异构网络基站的节能控制方法及系统，节能控制方法包括以下步骤：S1、输入所述宏基站范围内所有用户设备的位置信息、数据传输速率需求以及当前每个所述用户设备通信连接的基站信息，并进行数据预处理；S2、定义自适应粒子群算法的参数，并初始化粒子种群的位置和速度；S3、将初始化的每个粒子的位置信息代入目标函数内进行解码，得到双层异构网络基站中所有基站的总能耗；S4、从所述目标函数内返回粒子的自适应值，进行粒子间最优值的比较，同时更新所述自适应粒子群算法的自适应参数，重复步骤S3和S4，直至迭代终止条件，得到最优解。本申请的节能控制方法能够达到双层异构网络基站的节能效果。