本发明提供了一种基于分数阶微积分的超级电容器存储能量估计方法。包括：S001构建超级电容器充放电模拟电路，对超级电容器进行充放电测试模拟，确定超级电容器存储能量的影响参数；S002根据所述影响参数，构建超级电容器的分数阶微积分模型，确定分数阶微积分的时域函数，构建分数阶微积分辨识方法；S003在所述分数阶微积分辨识方法中，计算超级电容器端电压最大值及再最大端电压下不同区域的瞬时电流的值；S004根据所述超级电容器端电压最大值及再最大端电压下不同区域的瞬时电流的值，获得超级电容器的存储能量估值。