本发明公开了一种用于小麦条锈菌检测的引物对及探针和应用，该引物对的核苷酸序列如SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2所示；用于小麦条锈菌RPA或PCR检测的探针的核苷酸序列如SEQ ID NO.17所示，且在该序列的5’端有荧光基团，3’端有阻抑聚合酶延伸或扩增的修饰基团，在序列的第31位和第32位之间连接有脱碱基位点类似物。本发明的用于小麦条锈菌检测的引物对及探针，以小麦条锈菌效应基因PS4593为靶标基因，设计特异性RPA引物和探针，结合侧流层次试纸条，建立了小麦病菌条锈病菌的RPA‑LFD快速检测体系，实现潜育期小麦条锈病菌的可视化快速检测，并利用该体系检测到田间潜育小麦条锈菌。