本发明公开了一种海水淡化过程中生物脱盐方法，包括以下步骤：步骤一，海水一级过滤：使用一级过滤层除去海水中的大粒径杂质；步骤二，海水净化与还原：向海水中依次投入净化剂和还原剂；步骤三，海水二级过滤：使用二级过滤层除去海水中的小粒径杂质；步骤四，海水脱盐处理：使用生物脱盐层进行脱盐处理，得到脱盐后的海水；步骤五，海水除菌处理：使用除菌设备对脱盐后的海水进行处理，得到除菌后的海水；步骤六，海水检测。相比较于常规的海水淡化处理，本发明的海水淡化过程使用了自制的生物脱盐层，该生物脱盐层具有更好的脱盐效果。