本发明公开了一种微流控离心式挤压的细胞转染系统及细胞转染方法，涉及生物转染技术领域，该细胞转染系统包括复合碟体，复合碟体包括层叠设置的第一碟体与第二碟体，第一碟体与第二碟体中的一个盖设于另一个表面，第二碟体盖设于第一碟体的上表面时，第一碟体在朝向第二碟体的一侧表面开设有至少一组转染空间，转染空间包括微流道及第一存储槽与第二存储槽，第一存储槽与第二存储槽分别设于第一碟体的近圆心端与远圆心端，微流道的两端分别连通于第一存储槽与第二存储槽，微流道内设有用于对细胞进行挤压的限位口。本发明能够解决现有技术下细胞转染系统中细胞获取到的动力源较少，影响了细胞转染效率的问题。