本发明涉及一种低闪点燃料船主机自然吸气冷却系统，属于船舶能源利用技术领域。包括自然吸气管道、增压器、柴油机、柴油机空冷器、排气集管、柴油机空冷器气液分离器和扫气箱；自然吸气管道通过增压器与柴油机连接，柴油机上设有柴油机空冷器，柴油机空冷器通过柴油机空冷器气液分离器和扫气箱连接；排气集管与增压器连接。本发明针对现有技术中所存在的技术问题，利用低闪点燃料的冷能对主机自然吸气进行冷却。通过将低闪点燃料的加热需求与主机自然吸气的冷却需求相结合，合理分配船舶系统的热能/冷能需求，达到降低船舶综合能耗的目的，减少能源的消耗。