本发明涉及物流扫描设备技术领域，特别地，涉及一种自动标记的扫描设备，包括外壳，所述外壳内设有单侧开口的内腔，所述外壳上铰接有读码器，所述外壳上设有驱动所述读码器转动的转动机构，所述内腔内设有沿着单侧开口方向移动的标记机构。本发明在外壳内设有活动的标记机构，正常扫描时标记机构隐藏于外壳内，将所述外壳开口对准条码后通过读码器进行扫描，当扫描完成后或者扫描到废条码时，通过转动机构带动读码器转动以露出外壳内的标记机构，同时移动机构带动标记机构滑出以将印章压印在条码上，将条码标记，以便于后续工作中能够快速区分新旧条码，省去了反复扫描的工作，节省了工时提高了效率，节约了工作成本。