本发明公开了一种基因组学数据管理与诊疗系统，克服现有技术中只能对数字病理文件进行筛选、不能实现诊疗的问题，包括信息输入模块、数据库模块、数据管理模块以及用药辅助推荐系统；所述信息输入模块包括显示模块和数据传输模块，所述数据管理模块包括数据更新单元和数据调用单元，所述用药辅助推荐系统包括基因组合预测单元和药物与基因试验单元。还提供了一种基因组学数据管理与诊疗方法。将数据管理技术与诊疗技术相结合，从癌变细胞的基因组学入手，可以对通过人工很难实现的疾病诊治进行药物预测，进行已知药物的重定位和组合用药筛选。