本发明涉及一种基于mSNP技术检测西葫芦种子纯度的混样检测方法，其利用引物对1F/R～20F/R进行，所述引物对1F/R～20F/R的基因序列见SEQ IDNo.1～40；本发明采用mSNP技术，在扩增子不变的情况下，可以检测到更多的SNP变异；采用混样的方法进行检测，在减少扩增工作量的同时降低了测序成本，也加快了检测速度，可在一天时间内最多完成1440粒种子的检测。本方法是利用测序技术直接读取单核苷酸多态，通过程序直接进行纯度结果的判读，结果直观，可靠，避免受种子发育期、及结果判读时主观因素的影响。