本发明涉及沉水植物清理领域，尤其涉及一种河道用沉水植物收割系统，包括沉水植物收割机构和收割控制系统；所述沉水植物收割机构包括切割件与若干用来驱动切割件对沉水植物进行锯切的切割动力件，所述切割动力件的输出端固定安装有连接件，所述连接件另一端与所述切割件转动连接；本发明设备通过两条并行的船只拉动沉水植物收割机构，收割范围较大；可以自动对沉水植物进行收割，相对于人工清理，工作效率高；另外，沉水植物收割机构通过驱动件带动切割端为锯齿形结构的切割件沿切割件的水平方向呈曲线形轨迹移动，面对较坚硬的沉水植物，通过锯切的方式隔断，避免造成切刀损坏。