本发明公开了一种水下生物自动探测拍摄系统及其方法，包括放置于水下的保护固定装置，保护固定装置内固定安装控制计算模块；控制计算模块分别与传感器模块、预采样模块、照明模块、拍摄模块、供电模块和位于保护固定装置外部的数据存储传输模块电连接；预采样模块与传感器模块电连接，拍摄模块与数据存储传输模块电连接；数据存储传输模块通过无线网络与上位机信号连接。本发明可实现水下大型水生生物的原位探测和拍摄，采取传感器探测和定时拍摄方法，替代原有的连续拍摄方法，降低工作能耗，因此，本发明的拍摄系统可在野外长时间运行，使野外监测不受供电设施条件限制，在环境条件允许的位置即可布设。