一种影响萝卜花青素合成的MYB1同源基因及其鉴定方法，基于来自云南红萝卜特异种质资源的高代自交系RR1与加工型白萝卜高代自交系WR1杂交产生的F2代遗传群体，构建了相应的遗传图谱，并根据F2代个体的植株(根皮、根肉)花青素含量数据，定位到RsMYB1.3基因是影响萝卜花青素合成的关键基因，无花青素类型萝卜中该基因由于一个InDel插入而提前形成终止密码子，从而导致植株中无花青素合成。依据该基因在双亲本间的序列差异，设计了一组标记，利用该组标记对苗期萝卜植株叶片组织的DNA进行PCR扩增，依照其电泳结果可对RsMYB1.3在无花青素合成萝卜及云南红萝卜中的基因型进行鉴定。