本申请属于小麦分子育种技术领域，具体涉及一个小麦谷蛋白及其亚基组分含量主效QTL位点连锁标记Whass115339，该标记与麦谷蛋白及其亚基组分含量相关。本申请以麦谷蛋白及其亚基组分含量差异较大的小麦材料漯珍1号和郑育麦9987为双亲所构建获得的包含196个家系的F6和F7代重组自交系（RIL）群体为材料，通过对其谷蛋白及其亚基组分含量相关表型的测定，结合遗传连锁图谱信息，进行QTL定位分析，发现位于小麦6A染色体短臂上存在一个影响麦谷蛋白及其亚基组分含量的基因位点QGlu.6AS‑3，将与其紧密连锁的SNP Whaas115339转化为KASP标记，该标记可用于优质小麦分子育种。