本发明公开了一种用于深空探测器间通信的遥控自主要数传输方法，能够完成深空探测器中继通信机和综合电子计算机的交互通信，主要包括以下步骤：(1)综合电子发送UHF通信机的设置指令；(2)综合电子以M帧为一批，分批发送N帧待传遥控帧；(3)综合电子最后发送结束通信的设置指令，控制UHF通信机完成关机并结束通信。本发明能够提高深空探测领域中继通信机和综合电子计算机之间的传输效率，缓解通信过程中对综合电子的资源占用率，实现了深空探测器间通信的遥控自主要数传输，解决了火星、木星等深空探测工程因通信距离远、信号衰减大、通信时延长而无法实时通信控制的难题。