本发明公开了一种提升柔直输送清洁能源稳定性的方法及系统，属于输电控制保护技术领域。本发明方法包括：获取大规模新能源孤岛接入柔直并网点处的有功功率及无功功率数据，确定有功功率及无功功率的振荡分量，并判断有功功率及无功功率的振荡分量是否满足持续偏高条件；若有功功率及无功功率的振荡分量满足持续偏高条件，则执行柔性直流输电系统输送清洁能源稳定策略；当执行执行柔性直流输电系统输送清洁能源稳定策略后，判断此时的有功功率无功功率是否恢复稳定；若恢复稳定，则维持柔直孤岛换流站外环比例‑积分控制器的比例参数，使柔直输送清洁能源系统稳定运行。本发明提升柔性直流输电系统输送清洁能源稳定性。