本发明公开了纤维素降解复合菌系发酵水稻秸秆制备生化黄腐酸的方法，对水稻秸秆进行清理除杂、粉碎、干燥、挤压膨化，再由枯草芽孢杆菌、链霉菌、里氏木霉菌和黑曲霉组成的纤维素降解复合菌系对水稻秸秆进行连续式发酵。本发明基于水稻秸秆结构特性的挤压膨化处理，提高纤维素的可接触性；通过复合菌系连续液体发酵，优化发酵工艺条件；在此基础上，非加热的超声波辅助技术强化发酵，实现发酵底物高效转化，得到富含黄腐酸的发酵产物，强化连续发酵过程菌种之间协同作用，预防菌种退化，较固态发酵大大缩短发酵周期。本发明创新了水稻秸秆资源化利用模式，提高了其发酵产生化黄腐酸的效率，降低了生产成本，保护了环境，实用性很强，易于规模化。