本发明涉及一种柔性钻管钻取式随钻采样机构，包括滑轨柱、电机以及电机导向块，滑轨柱一端同轴固定在滑轨台上，滑轨柱的外侧壁上设有第一滑轨，电机导向块滑动连接在第一滑轨上，电机固定在电机导向块上且位于滑轨柱的一侧；滑轨柱上固定有间隔布置的丝杠螺母和软管盘，电机的驱动端固定有丝杠，丝杠与丝杠螺母螺纹连接，丝杠的自由端穿过软管盘并与采样软管固定连接。本发明的采样机构的电机转动，带动丝杠在丝杠螺母中旋转运动，丝杠牵引电机固定块及采样软管移动，采样软管旋转伸出采集样品，每个电机独立控制一个采样软管的推出动作，通过增加采样软管的数量即可增加样品采样的数量，可以实现不同深度上多点多次小批量采样。