本申请实施例提供一种根因定位方法、运维服务器及存储介质，其中方法包括：获取业务系统的运维数据，以及确定运维数据异常的目标数据特征；构建目标数据特征之间的第一依赖关系、目标数据特征与候选功能模块之间的第二依赖关系、以及候选功能模块与候选异常类型之间的第三依赖关系，以得到目标关系；对所述目标关系中的候选异常类型进行根因推断，以得到各候选异常类型的异常概率；根据各候选异常类型的异常概率，从候选异常类型中确定根因类型；根据所述根因类型，确定所述业务系统的根因定位结果。本申请实施例可以精准的进行根因定位，提升根因定位性能。