本发明公开了一种融合5G的异构组网网关加密方法及系统，该方法包括获取至少两个异构组网网关源数据；从所述源数据中提取关键业务字段，并对所述关键业务字段进行加密；将所述源数据分割为异构数据块，将加密的所述关键业务字段嵌入所述异构数据块中进行封装，并将封装后的所述异构数据块进行传输。这样，通过采取针对关键业务字段进行加密，非关键业务数据可根据实际环境选择公私对称密钥加密技术、RSA非对称数字签名技术或透明传输技术，不必对全部数据采用同一方法，灵活性高，适合多源数据复杂性与多样性。