本发明公开了一种基于区块链的跨域协同溯源系统及方法，涉及网络安全技术领域。本发明引入了区块链技术，通过区块链的优势为溯源系统中各自治域的合作提供了信任基础，将溯源过程中产生的事务通过区块链中的超级节点进行打包和验证并广播至所有节点，由此使得数据信息能够公开、透明地存储在所有节点上，解决了由于竞争而产生的信任问题，使得各个自治域之间能够协同可信，极大地提高了协同溯源的效率。同时设计了一种特殊标签来阻断数据流的聚合，通过将基于标签的高精度溯源策略和区块链融合，提高了溯源效率和溯源精度。同时针对不同的数据类型引入了不同的密码学技术，而非全部使用同一种手段，以此可以灵活、有效地保障数据的隐私安全。