本发明提供海洋水文实时监测系统，包括潜水器，所述潜水器设有若干组，所述系统包括主控单片机、GIS通信模块和远控控制台，所述主控单片机通过GIS通信模块与远程控制台建立通信连接，所述主控单片机设置在潜水器上，所述潜水器上设有检测组件，所述检测组件分别与主控单片机电连接，所述主控单片机包括数据获取模块与数据分析模块，所述数据获取模块用于获取来自检测组件检测到的数据，所述数据分析模块用于管理和分析来自数据获取模块的数据，所述潜水器包括驱动模块，本发明通过潜水器的驱动模块的驱动下潜水器到达海底，再依靠设置在潜水器上的检测组件对海底水文环境进行实时监测，并且通过GIS通信模块把监测数据传输到和远控控制台。