本发明实施例公开了一种磁悬浮分子泵的控制方法、装置及磁悬浮分子泵，所述磁悬浮分子泵包括轴向磁轴承、径向磁轴承；所述方法包括：根据预先获取的安装方向与轴向吸动力的对应关系，确定所述磁悬浮分子泵的实际安装方向；根据所述实际安装方向确定所述轴向磁轴承及所述径向磁轴承的目标控制参数；根据所述目标控制参数对所述轴向磁轴承及所述径向磁轴承进行控制。在不同安装方式下轴向磁轴承单独吸动磁悬浮分子泵静止状态下的转子所需的力不同，从而判断分子泵的实际安装方向，根据实际安装方向匹配相应的最佳控制参数，从而提高分子泵的稳定性和可靠性，并降低损耗。