一种生物标志物及其在肝内胆管细胞癌预后预测中的应用，所述生物标志物选自LIX1L、LINC01822、TUBA4A、AC023481.1、MFSD1、AC097173.1、FAM153B、STEAP2/STEAP2‑AS1、CDKN2B、FAM205BP、GAD2、LETMD1、RASSF3、AC073592.4、GOLGA6B、ORC6、TMEM106A中的至少一种基因的基因区域，所述基因区域为基因的增强子、启动子、外显子、内含子、5’非翻译区或3’非翻译区。本发明采用全基因组DNA甲基化测序，在整个基因组范围内描述了肝内胆管细胞癌整体的表观遗传学改变，并系统地评估出17个基因区域的甲基化水平在肝内胆管细胞癌预后中的价值。