本发明提供了一种计及可用输电容量的区域间电力申报匹配方法和系统，包括：根据各区域间可用的输电通道的输电费和网损率，以及预先建立的参与电力匹配的各购电方与各售电方间输电路径与输电通道间的关联关系，分别计算每个购电方与售电方间的购售对在各条可用输电路径的剩余价差；基于剩余价差以及区域间输电通道可用输电容量，对售电方和购电方申报的电力进行匹配。本申请提出的一种区域间电力匹配方法，考虑线路可用输电容量、考虑输电费和网损，实现计及可用输电容量的区域间中长期匹配，大大提高了区域间中长期交易的可执行性，有助于实现市场交易与电网运行的统筹建设的目标。