本发明公开了一种合流匝道交替通行车辆指引系统及指引方法，合流匝道具有相邻设置且其首端汇流后汇入道路主线的两匝道，两匝道包括辅匝道和对着道路主线的主匝道，它包括交替通行车辆编码标线组、车辆感应模块组、车牌识别设备、控制单元和显示模块；交替通行车辆编码标线组包括交替状设于两匝道的汇流部分的至少三车辆编码标线，车辆编码标线包括设于主匝道首端的第一车辆编码标线、设于辅匝道首端的第二车辆编码标线和设于主匝道上并位于第一车辆编码标线后方的第三车辆编码标线；车辆感应模块组包括埋设于对应车辆编码标线的道路下的车辆感应模块。它能够明确每一辆车的通行秩序，减少司机的理解时间或误判，加强合流点的通行管理，提升通行效率。