本发明涉及甲壳素萃取技术领域，尤其涉及一种高效发酵的复合甲壳素萃取工艺，解决了现有技术中在进行甲壳素的萃取时，常常存在效率低、污染大、没有衍生物以及利用率低的问题，进而大大影响甲壳素的整体萃取效率的问题。一种高效发酵的复合甲壳素萃取工艺，包括将原料进行接收以及储存，其中原料采用天然的虾蟹，以及糖和柠檬酸，将原材料中的虾蟹进行研磨，在进行研磨时采用超净超微粉研磨工艺以及设备，将研磨之后的虾蟹与糖以及柠檬酸进行充分的混合，将原材料的混合物进行发酵，采用微生物一体式发酵技术。本发明提取效率的增加，且不会有废水产生因此成本更低，只有酸碱法的1/3，酶解法的1/5，价格低，产品质量好。