本发明属于无机生物医用材料领域，为了解决现有技术制备核壳结构羟基磷灰石步骤繁琐，而现有一步法制备核壳结构羟基磷灰石大多为纳米级，无法进行药物的有效传输，因此本发明提出一种制备核壳结构羟基磷灰石微球的方法及其应用。通过本发明所述方法制备得到的核壳结构羟基磷灰石为微米结构，内核尺寸为微米级，外壳厚度为多孔结构，纳米级，内核和外壳之间有孔隙，该结构可以使得羟基磷灰石在血液或体液中流动性较好，不易团聚，即使发生团聚，由于外壳具有多孔结构，内核和外壳之间有空隙，血液或体液可以浸润羟基磷灰石聚集体内部，药物也可以从堆叠的羟基磷灰石之间进行释放或传输。