本发明公开了一种基于多生理信号融合实时监测的针灸刺激评估方法及系统，方法：通过脑血氧含量、皮肤血氧饱和度、皮肤血流量、皮肤电活动值和皮肤温度对针灸效果进行评估；系统：包括治疗床，治疗床的一侧设有计算机，计算机通过脑血氧信号处理器连接近红外光谱探头，计算机通过皮肤血氧信号处理器连接第一皮肤血氧探头和第二皮肤血氧探头，计算机通过皮肤血流信号处理器连接第一皮肤血流探头和第二皮肤血流探头，计算机通过电生理信号处理器连接皮肤电导传感器和皮肤温度传感器，皮肤电导传感器有两个。本发明具有可对针灸之于人体多种生理参数的影响进行评估的优点，有助于医生理解明针灸治疗幻肢痛的作用机理，并提供依据。