本发明公开一种对复杂波形雷达射频回波模拟的保护系统及方法，所述系统包括：数字储频保护时间计算模块、脉冲宽度测量模块、数字储频存储保护模块；数字储频保护时间计算模块用于根据复杂波形雷达的宽度与探测距离范围的对应关系，获得不同波形的雷达信号的保护时间；脉冲宽度测量模块通过测量待测雷达信号的脉冲宽度得到需要存储的雷达信号，并获得需要储存的雷达信号的保护时间；数字储频存储保护模块用于将需要储存的雷达信号进行数字信号存储并获得雷达射频回波模拟信号；以及基于需要储存的雷达信号的保护时间对数字储频进行存储保护。本发明通过避免在最小重复周期内其他脉冲信号再次触发数字储频的存储，有效减小了误触发的概率。