本申请涉及水环境数据处理领域，尤其涉及一种对多源水环境监测数据进行融合的方法及系统，包括：在评价周期内的每一天均进行自动监测，以获得自动水环境数据，并且计算每一天的自动水环境数据的日均值；在评价周期内的一天进行手动监测，以获得手动水环境数据；分别计算自动监测的每一天与手动监测的一天之间相距的天数，以计算每条日均值的权重；依据日均值的权重、日均值、手动水环境数据、预先获得的自动水环境数据的融合权重和预先获得的手动水环境数据的融合权重，得到自动水环境数据和手动水环境数据的融合数据。本申请可以提高水环境监测的准确性，并且同时提高水环境的监测频率，从而全面的反映监测断面的整体状况。