本发明公开了一种刺参低聚肽交联微胶囊及其制备方法和应用，本发明采用透明质酸钠、变性淀粉和麦芽糊精等作为交联剂，先制得交联芯材和交联功能壁材，之后又对交联芯材和交联功能壁材分别进行前后两步交联包埋，使得微胶囊获得了由内到外结构依次为交联芯材‑基础性壁材前包埋‑交联功能壁材后包埋的三维架构，该三维架构结构更加稳固，因而本发明制备得到的刺参低聚肽交联微胶囊其抵抗外界环境的能力显著提升，所以其不仅口服生物利用度得到提高，而且货架期得到延长；此外，由于刺参低聚肽被包埋起来了，所以该微胶囊还极大改善了刺参低聚肽的感官风味特性。