本发明公开了一种基于CT扫描技术量化土壤团聚体孔隙空间结构方法，包括首先通过土壤筛选取不同粒级的土壤团聚体样品；将样品放置于CT扫描设备进行扫描；界定团聚体边界；划分出团聚体中心部位和边缘部位；选取孔隙阈值；通过Interactive Thresholding工具，将选取的孔隙阈值，应用于掩膜Mask1、Mask2和Mask3下的团聚体样品，获得团聚体及其中心和边缘部位孔隙的二值图；通过Avizo软件的体积渲染工具进行图像三维可视化；再通过Avizo软件的计算模块得到三维孔隙结构特征参数。本发明通过将CT扫描仪器与专业三维分析软件相结合，实现对团聚体边界的提取以及对团聚体中心部位和边界部位的划分，采用最合适的阈值分割方法，实现对土壤团聚体孔隙空间结构的三维量化分析。