本发明公开了12个梨品种特异性分子标记及其筛选方法和应用，包括下列步骤：（1）取叶片提取基因组DNA；（2）按照简化基因组测序技术Super‑GBS方法构建文库，文库质检合格后上机测序；（3）对测序数据进行过滤后，使用GATK获得SNP位点，并对SNP进行过滤，以提高SNP的准确性；（4）根据每个品种的分型结果筛选12个梨品种中至少有一个品种与其他品种不同的位点；（5）根据上述筛选策略，最终筛选到4479个鉴定12个梨品种的SNP位点，在这些SNP位点当中，根据每个位点能够区分梨品种的类别可以组合出几千组能够高效鉴别12个梨品种的SNP位点标记群；（6）基于这些位点标记开发出两种简便、快速、可靠鉴定12个梨品种的方法，为确保科研部门、苗木繁育和果园种植企业准确识别、控制梨品种奠定技术基础。