本发明属于生物医药技术领域，提供了一种基于甲基化生物标记的抗精神病药物疗效预测模型及其构建方法和应用。所述构建方法包括：1)获取患者的抗精神病药物治疗病历数据以及基因甲基化数据；2)基于所述患者的抗精神病药物治疗病历数据与基因甲基化数据，获取与患者治疗响应相关的特征；3)将所述治疗响应相关的特征输入预测模型进行训练，建立抗精神病药物疗效预测模型。本发明还公开了一种基于甲基化生物标记的抗精神病药物疗效预测系统。本发明通过提供一种抗精神病药物疗效预测模型，从而更加准确地评估抗精神病药物的疗效，同时提供个体化用药的决策支持。