本发明公开了一种从脱硫吸收液中去除硫代硫酸根的方法及系统，方法包括先用硫酸溶液将初始脱硫吸收液的pH调至2以下，使硫代硫酸根分解为S和SO2，经SO2排出和S过滤，用石灰乳调pH值至6～7，过滤生成的硫酸钙沉淀，用氟化氢溶液调pH值为5～6，过滤生成的氟化钙沉淀，将所得吸收液返回脱硫系统循环使用。系统包括依次连通的第一反应器、第二反应器和第三反应器，第一反应器与第二反应器之间设有第一过滤器，第二反应器与第三反应器之间设有第二过滤器，第三反应器出口与第三过滤器连通，各反应器均设有pH检测仪。本发明方法及系统对硫代硫酸根的选择性强，去除率高，硫磺回收纯度高，工艺简单，成本低，无废水产出，无二次污染。